巨细胞病毒感染的症状因感染人群不同而有所差异。对于健康成年人，多数人感染后无症状，少部分人可能出现类似流感的症状，如发热、乏力、肌肉酸痛等，持续时间可能较短，一般1~2周左右能缓解。
婴幼儿感染症状
先天性感染： 胎儿在子宫内被巨细胞病毒感染，可能出现生长受限，出生后体重低于同孕周胎儿。还可能有黄疸，皮肤和巩膜发黄，持续时间可能超过2周。部分婴儿会有肝脾肿大，通过体检可发现肝脏和脾脏比正常增大。围生期感染： 婴儿通过产道或母乳感染巨细胞病毒，可能出现呼吸急促，每分钟呼吸次数超过40次，还可能有肺炎表现，如咳嗽、气促等。有的婴儿会有血小板减少性紫癜，皮肤出现瘀点、瘀斑。
免疫缺陷人群症状
艾滋病患者： 感染巨细胞病毒后，可能出现视网膜病变，导致视力下降，严重时可失明。还会有胃肠道症状，如腹痛、腹泻，每天腹泻次数可能超过3次，持续时间较长。器官移植受者： 发生巨细胞病毒感染时，可能出现发热，体温持续在38℃以上，且使用抗生素治疗无效。还可能有肺炎表现，胸部影像学检查可见肺部有浸润影。
其他人群特殊症状
孕妇感染： 孕妇感染巨细胞病毒，多数无明显症状，少部分会有低热、乏力等类似感冒的表现。但如果是原发感染（孕期首次感染），可能会通过胎盘传给胎儿，影响胎儿健康。老年人感染： 老年人感染巨细胞病毒后，可能恢复较慢，容易出现持续的乏力感，体力下降明显。部分老年人可能出现神经系统症状，如头痛、记忆力减退等。