巨细胞病毒感染的症状因感染人群和感染部位不同而有所差异。一般来说，健康人感染巨细胞病毒后，约有1/3的人可能没有明显症状，而有症状的人可能出现发热、乏力、肌肉酸痛等类似感冒的表现，持续时间可能为数天到数周不等。
一、先天性巨细胞病毒感染症状
胎儿期感染： 部分受感染的胎儿可能出现生长受限，出生体重低于同孕周正常婴儿。有些婴儿出生时可能无明显症状，但在出生后数周、数月甚至数年才逐渐出现听力丧失、智力发育迟缓、运动障碍等问题。新生儿期感染： 约10% - 15%的先天性巨细胞病毒感染新生儿会出现明显症状，如黄疸（皮肤和巩膜发黄）、肝脾肿大、紫癜（皮肤出现紫色瘀点）、肺炎等，严重时可危及生命。
二、婴幼儿和儿童巨细胞病毒感染症状
无症状感染： 大部分婴幼儿和儿童感染巨细胞病毒后为无症状感染，自身免疫系统可控制病毒，不出现明显不适。有症状感染： 可能出现发热，体温可达到38℃ - 39℃左右，持续数天。还可能有呼吸道症状，如咳嗽、流涕，类似普通感冒表现；也可能出现消化道症状，如食欲减退、恶心、呕吐、腹泻等。
三、成人巨细胞病毒感染症状
免疫功能正常成人： 多数为无症状感染，少数人感染后可出现类似单核细胞增多症的表现，如发热、咽痛、淋巴结肿大（尤其是颈部淋巴结）、乏力、肌肉酸痛等，一般病程2 - 4周可自行缓解。免疫功能低下成人： 如器官移植受者、艾滋病患者等，感染巨细胞病毒后症状较重，可累及多个器官系统。肺部感染时会出现咳嗽、呼吸困难；胃肠道受累可出现腹痛、腹泻、便血等；神经系统受累可能有头痛、意识障碍等表现。