巨细胞病毒感染症的症状因感染人群和感染部位不同而有所差异。对于免疫功能正常的人，多数无症状，少数可能出现类似感冒的症状，如发热、乏力等，发热一般可持续1~3周。而对于免疫功能低下的人群，症状则更为多样。
一、先天性巨细胞病毒感染症状
出生时无症状：约10%的先天性巨细胞病毒感染婴儿出生时无明显症状，但在出生后数周、数月甚至数年可能出现听力丧失、智力发育迟缓等问题。出生时已有症状：约90%的先天性感染婴儿出生时可出现多种症状，如肝脾肿大，肝脏体积可能较正常增大1~2倍，脾脏也会肿大，质地变硬；血小板减少性紫癜，皮肤会出现瘀点、瘀斑，血小板计数可低于正常范围的一半以下。
二、儿童及成人原发性巨细胞病毒感染症状
呼吸道感染症状：当累及呼吸道时，可出现咳嗽，多为持续性干咳，咳嗽时间可能长达2~3周；呼吸困难，严重时呼吸频率加快，可达30次/分以上。胃肠道感染症状：表现为腹痛，多为腹部隐痛或胀痛，疼痛部位不固定；腹泻，每日腹泻次数可达3~10次不等，大便多为稀水样便。
三、免疫功能低下人群巨细胞病毒感染症状
艾滋病患者：巨细胞病毒可引起视网膜炎，患者会出现视力下降，严重时可导致失明；还可引起胃肠道感染，出现严重的腹泻，每日腹泻次数可达10次以上，伴有腹痛、消瘦等，体重可在1个月内下降5%以上。器官移植受者：巨细胞病毒感染可导致肺炎，患者发热可持续1周以上，体温可达38.5℃以上，同时伴有咳嗽、气促等症状，胸部CT可见肺部浸润影。