口腔溃疡的病因较为复杂，一般认为约20%~30%的人有遗传倾向，如果父母双方都患有复发性口腔溃疡，其子女患口腔溃疡的概率可高达60%~70%。
一、局部创伤因素
口腔黏膜损伤： 刷牙时用力过猛、吃坚硬食物时不慎咬伤口腔黏膜等，都可能导致口腔溃疡。比如，用硬毛牙刷刷牙，或者啃食甘蔗、炒瓜子等较硬食物，很容易使口腔黏膜受损，进而引发溃疡。牙齿刺激： 不合适的假牙、锐利的牙尖等长期摩擦口腔黏膜，也会引起口腔溃疡。例如，新佩戴的假牙如果与口腔黏膜贴合不恰当，佩戴一段时间后就可能导致局部黏膜反复摩擦，形成溃疡。
二、免疫系统因素
免疫异常： 当人体免疫系统出现问题时，容易引发口腔溃疡。比如，自身免疫性疾病患者，免疫系统错误地攻击自身组织，就可能导致口腔黏膜发生炎症，出现溃疡。像白塞病患者，除了口腔溃疡，还可能伴有眼部、生殖器等部位的病变。免疫力低下： 长期熬夜、过度劳累、营养不良等情况会使人体免疫力下降，从而增加口腔溃疡的发病几率。比如，长期熬夜的人，身体的各项机能处于紊乱状态，免疫系统功能受到影响，就更容易患上口腔溃疡。
三、营养缺乏因素
维生素缺乏： 缺乏维生素B族（如维生素B12、叶酸等）、维生素C等都可能引发口腔溃疡。例如，长期偏食、挑食的人，很容易出现维生素摄入不足的情况，进而导致口腔黏膜抵抗力下降，引发溃疡。研究发现，维生素B族缺乏会影响口腔黏膜的正常代谢，增加溃疡发生的风险。微量元素缺乏： 缺乏铁、锌等微量元素也与口腔溃疡的发生有关。比如，缺铁会影响血红蛋白的合成，导致机体供氧不足，影响口腔黏膜的修复；缺锌会影响细胞的分裂和再生，使口腔黏膜容易受损，引发溃疡。