先天性巨结肠会并发小肠结肠炎、肠穿孔以及继发感染等。其中小肠结肠炎是常见并发症，任何年龄均可发生，新生儿期尤为多见。因远端肠梗阻致结肠高度扩张，肠腔内压升高使肠粘膜缺血，屏障作用降低，让粪便代谢产物、细菌和毒素进入血循环。患儿会有高热、高度腹胀、呕吐，排出恶臭带血稀便。肠粘膜缺血处可产生水肿、溃疡，引发血便与肠穿孔，严重时炎症侵犯肌层，导致浆膜充血、水肿、增厚，出现渗出性腹膜炎。因吐泻及扩张肠管内大量肠液积存，会迅速出现脱水和酸中毒，死亡率很高。肠穿孔多见于新生儿，常见穿孔部位为结肠和盲肠，还会继发感染如败血症、肺炎等。
一、小肠结肠炎：
1.是先天性巨结肠的常见并发症，可在任何年龄段出现，尤其在新生儿期多发。
2.由于远端肠梗阻，导致结肠高度扩张，进而使肠腔内压增高。
3.肠粘膜缺血，屏障功能下降，致使粪便相关物质等进入血液循环。
4.患儿的表现包括高热、腹胀、呕吐以及排出恶臭带血稀便。
二、肠穿孔：
1.常见于新生儿。
2.常见的穿孔部位是结肠和盲肠。
三、继发感染：
1.可能出现败血症、肺炎等。
总之，先天性巨结肠的这些并发症都较为严重，尤其是小肠结肠炎可能引发一系列严重后果，需高度重视和及时治疗。