起口疮的原因有多种。一般来说，机体免疫力下降时容易起口疮，比如当人体处于疲劳状态、睡眠不足时，免疫力可能降低，这时候就比较容易长口疮，有研究显示约30% - 50%的口疮患者与免疫力下降有关。
局部创伤因素
口腔内机械刺激： 牙齿的残冠、残根或者不合适的假牙等，长期摩擦口腔黏膜，就容易导致口疮。比如牙齿有尖锐的边缘，经常刮擦口腔内侧黏膜，就可能引发口疮。咬伤口腔黏膜： 吃饭时不小心咬到口腔黏膜，也会引起口疮。比如吃饭速度过快，或者在说话时突然咬到腮帮子等部位，就可能形成创伤性口疮。
维生素和微量元素缺乏
维生素B族缺乏： 尤其是维生素B2（核黄素）缺乏时，容易出现口疮。有调查发现，约20% - 30%的口疮患者存在维生素B2缺乏的情况。比如长期偏食、节食的人，很容易缺乏维生素B族。微量元素缺乏： 像锌、铁等微量元素缺乏也与口疮有关。锌参与人体多种代谢过程，缺乏锌时，会影响口腔黏膜的修复，从而增加口疮发生的几率；铁缺乏可能会影响免疫系统功能，间接导致口疮出现。
精神因素影响
长期压力过大： 当人长期处于高压力状态下，比如工作压力大、学习紧张等，会影响神经系统的调节，进而影响口腔黏膜的正常代谢，容易引发口疮。有研究表明，长期压力大的人群中，口疮的发生率比压力小的人群高约40%。情绪波动大： 焦虑、紧张、抑郁等情绪波动较大时，也可能导致口疮。比如一些面临重大考试的学生，情绪紧张焦虑，容易出现口疮。