干燥综合征的病因目前尚未完全明确，一般认为与遗传、免疫、感染等多种因素有关。据研究，遗传因素在其中起到一定作用，某些基因的遗传易感性会增加患干燥综合征的风险。
遗传因素：某些基因关联
研究发现，人类白细胞抗原（HLA）系统中的一些基因与干燥综合征的发病相关。例如，HLA - DR3、HLA - DR4等基因在干燥综合征患者中的携带频率可能高于正常人群。遗传因素并非单一基因决定，而是多个基因相互作用的结果，不过具体的遗传模式还在进一步研究中。
免疫因素：自身免疫紊乱
- 免疫系统攻击腺体：患者体内的免疫系统会错误地攻击自身的外分泌腺体，如唾液腺和泪腺等。正常情况下，免疫系统是保护身体免受病原体侵害的，但在干燥综合征患者中，免疫系统出现异常，产生了过多的自身抗体，像抗SSA抗体、抗SSB抗体等，这些自身抗体攻击唾液腺和泪腺的细胞，导致腺体功能受损，出现口干、眼干等症状。
- 免疫细胞异常：T淋巴细胞和B淋巴细胞等免疫细胞也参与了这个过程。T淋巴细胞的功能失调会影响B淋巴细胞的活性，使得B淋巴细胞过度增殖并产生大量自身抗体，进一步加重免疫紊乱状态，持续破坏外分泌腺体。
感染因素：病毒可能诱发
- 病毒感染触发：某些病毒感染可能是诱发干燥综合征的因素之一。例如，EB病毒、丙型肝炎病毒等。当人体感染这些病毒后，可能会引起免疫系统的异常反应，打破免疫系统的平衡，从而诱发干燥综合征。不过，并不是感染了这些病毒就一定会患上干燥综合征，还需要结合个体的遗传等其他因素共同作用。
- 病毒与免疫的相互作用：病毒感染后，会改变人体细胞的一些特性，使得免疫系统识别出现偏差，进而启动针对自身腺体的免疫攻击。但具体的病毒如何精确地引发干燥综合征的详细机制还在不断探索中。