扁桃体肥大主要是由反复的炎症刺激引起的。比如儿童时期，机体免疫力相对较低，容易受到细菌、病毒的侵袭，像A组乙型溶血性链球菌、葡萄球菌等病原体反复感染扁桃体，就会导致扁桃体反复发炎，进而引起扁桃体增生、肥大，这种情况在儿童中的发生率相对较高，据统计，儿童扁桃体肥大有很大一部分是由反复的上呼吸道感染引发的。
感染因素：
病毒感染： 常见的引起扁桃体肥大的病毒有腺病毒等。腺病毒感染后，会导致扁桃体组织充血、水肿，长期的腺病毒感染就可能使扁桃体逐渐肥大。一般腺病毒感染的病程可能持续1 - 2周左右，但如果反复感染，就容易引发扁桃体肥大问题。细菌感染： 除了前面提到的A组乙型溶血性链球菌，葡萄球菌感染也较为常见。当细菌侵入扁桃体后，会引发炎症反应，扁桃体为了抵御细菌会不断增生，从而导致肥大。例如，当人体抵抗力下降时，葡萄球菌容易趁虚而入，感染扁桃体。
免疫因素：
自身免疫反应： 人体的免疫系统在对抗病原体的过程中，如果出现异常的自身免疫反应，也可能导致扁桃体肥大。当免疫系统错误地将扁桃体组织当作外来入侵物进行攻击时，会引起扁桃体的病理性增生。不过这种自身免疫因素导致的扁桃体肥大相对较少见，但也是一个可能的原因。
其他因素：
过敏反应： 过敏体质的人接触过敏原后，也可能引发扁桃体的肥大。例如，接触花粉、尘螨等过敏原时，扁桃体可能会出现过敏反应，导致组织水肿、增生，进而肥大。而且过敏反应如果反复发生，就会增加扁桃体肥大的风险。邻近器官炎症蔓延： 像鼻腔、鼻窦的炎症也可能蔓延至扁桃体，引起扁桃体的炎症反应，长期的炎症刺激会使扁桃体肥大。比如鼻窦炎患者，炎症产生的分泌物可能会波及扁桃体，导致扁桃体反复发炎，最终肥大。