一般扁桃体肥大主要由以下原因导致。首段：儿童扁桃体肥大较为常见，其中反复的炎症刺激是重要原因之一，比如儿童若频繁发生扁桃体炎，就容易引发扁桃体肥大，据统计，儿童期扁桃体炎反复发作可能使扁桃体肥大的发生率升高。
感染因素导致
病原体反复感染： 细菌、病毒等病原体的反复侵袭是引发扁桃体肥大的常见原因。像A组乙型溶血性链球菌，是引发扁桃体炎进而导致扁桃体肥大的常见细菌病原体。病毒方面，EB病毒等也可能多次感染扁桃体，造成扁桃体反复发炎肿胀，长期如此就会使扁桃体肥大。急性扁桃体炎反复发作： 当儿童患上急性扁桃体炎后，如果没有得到彻底治疗，病情反复，就很容易导致扁桃体组织增生，从而出现扁桃体肥大。一般来说，急性扁桃体炎每年发作4 - 5次以上，就比较容易引发扁桃体肥大的情况。
过敏反应相关
变应性因素： 过敏体质的人接触过敏原后，也可能引发扁桃体肥大。例如对花粉过敏的人，在花粉传播季节，接触花粉后，免疫系统会对花粉产生反应，可能累及扁桃体，导致扁桃体出现水肿、肥大的情况。还有对某些食物过敏，如海鲜等，也可能引起扁桃体的变态反应性肥大。长期过敏刺激： 长期处于过敏环境中，持续受到过敏原刺激，会使扁桃体反复处于免疫反应状态，进而导致扁桃体组织增生肥大。比如常年生活在有宠物毛发过敏原的环境中，就可能长期刺激扁桃体，引发肥大。
其他因素影响
年龄因素： 在儿童时期，扁桃体是免疫系统的一部分，相对较为活跃，容易受到各种因素影响而肥大。一般儿童6 - 7岁时扁桃体达到最大，之后可能会随着年龄增长逐渐萎缩，但也有部分儿童会持续肥大。而成人扁桃体相对儿童时期萎缩，但如果有反复炎症等情况，也可能出现肥大。鼻腔疾病影响： 当患有鼻炎、鼻窦炎等鼻腔疾病时，鼻腔分泌物倒流刺激扁桃体，也会导致扁桃体肥大。例如鼻窦炎患者，鼻腔内的脓性分泌物长期倒流至咽喉部，刺激扁桃体，引起扁桃体反复发炎，最终导致肥大。