扁桃体肥大主要是由反复的炎症刺激引起的。比如儿童时期，机体免疫力相对较低，容易受到细菌、病毒的侵袭，像A组乙型溶血性链球菌、流感病毒等感染，就可能反复刺激扁桃体，导致扁桃体反复发炎，进而引发扁桃体肥大，据统计，儿童扁桃体肥大多数与反复的上呼吸道感染有关。
感染因素导致
细菌感染： 最常见的是A组乙型溶血性链球菌感染，这种细菌会持续刺激扁桃体，使得扁桃体黏膜充血、水肿，淋巴细胞增殖，久而久之就容易造成扁桃体肥大。比如在学校等集体环境中，儿童之间容易相互传染这类细菌，从而引发扁桃体反复发炎和肥大。病毒感染： 像EB病毒、流感病毒等感染也可引起扁桃体肥大。以EB病毒为例，感染后除了可能导致扁桃体肿大外，还可能伴有发热、咽痛、淋巴结肿大等症状，而且病毒持续存在或反复感染时，很容易让扁桃体处于持续的炎症状态，进而出现肥大情况。
自身免疫因素相关
人体的免疫系统如果出现异常，也可能参与扁桃体肥大的形成。当免疫系统错误地将扁桃体组织当作外来异物进行攻击时，会导致扁桃体不断受到免疫损伤，引发炎症反应，促使扁桃体组织增生肥大。不过这种自身免疫因素导致的扁桃体肥大相对细菌、病毒感染引起的比例要低一些，但也是一个不可忽视的方面。
其他因素影响
年龄因素： 在儿童时期，尤其是3 - 10岁这个阶段，扁桃体处于生长发育较为活跃的时期，更容易受到各种因素的影响而出现肥大。而成年人相对来说，扁桃体肥大的发生率会低一些，但如果有反复的炎症刺激，也可能出现。过敏因素： 过敏体质的人接触过敏原后，比如花粉、尘螨等，可能会引起扁桃体黏膜的过敏反应，导致扁桃体水肿、肥大。而且过敏反应如果反复发生，也会让扁桃体肥大的情况持续存在或加重。