扁桃体肥大主要是由反复的炎症刺激引起的。比如，儿童时期咽部感染和反复炎症刺激是导致扁桃体肥大的常见原因，像急性扁桃体炎若反复发作，就容易使扁桃体反复增生、肥大，据统计，儿童期扁桃体肥大有相当一部分是因为这类反复的炎症发作。
一、感染因素导致
细菌感染： 乙型溶血性链球菌是引发扁桃体感染的常见细菌之一，当人体抵抗力下降时，这种细菌容易侵入扁桃体，引发炎症反应，长期的炎症刺激会使扁桃体逐渐肥大。例如，在学校等集体生活环境中，儿童容易因接触到携带乙型溶血性链球菌的人群而感染发病。病毒感染： 腺病毒也是导致扁桃体肥大的常见病毒之一。腺病毒感染引起的扁桃体炎，同样会使扁桃体出现炎症性增生，进而导致肥大。而且病毒感染往往具有一定的传染性，可通过飞沫等途径传播。
二、过敏反应相关
变应性因素： 过敏性体质的人接触到过敏原后，可能会引发扁桃体的过敏反应，导致扁桃体充血、水肿，长期的过敏状态也会促使扁桃体肥大。常见的过敏原包括花粉、尘螨等，在花粉季，过敏性体质的人接触花粉后，就可能出现扁桃体肥大相关的症状。食物过敏： 某些人对特定食物过敏，进食后也可能引起扁桃体的变态反应性炎症，长期的食物过敏刺激也会导致扁桃体肥大。比如对海鲜过敏的人，食用海鲜后可能出现扁桃体肥大伴发咽部不适等症状。
三、其他因素影响
年龄因素： 儿童时期扁桃体处于生长发育阶段，相对较为活跃，更容易受到各种因素的影响而出现肥大。一般来说，儿童3 - 10岁时扁桃体体积较大，14 - 15岁后逐渐萎缩。但如果在此期间受到反复炎症等刺激，就容易出现肥大。免疫因素： 人体的免疫系统在扁桃体肥大的发生发展中也起到一定作用。当免疫系统功能紊乱时，可能会对扁桃体组织进行过度的免疫反应，导致扁桃体炎症性增生肥大。例如自身免疫性疾病患者，其免疫系统异常可能累及扁桃体，引发肥大情况。