肠菌群失调会出现多种症状表现。一般来说，肠菌群失调可能有消化道相关症状，比如约70%左右的患者会出现腹胀，感觉肚子里有气体积聚，胀满不适；还可能有腹泻或便秘的情况，腹泻时每天排便次数可能增多，可达3 - 5次甚至更多，粪便性状稀溏；便秘则是排便困难，间隔时间延长。
消化道症状表现
腹胀： 肠道菌群失调时，肠道内气体的产生和排出平衡被打破，容易导致腹胀，尤其在进食后可能更明显。腹泻： 有害菌等异常增多，会影响肠道的正常吸收和分泌功能，使得水分和电解质不能正常调节，从而出现腹泻，粪便可能呈稀水样。
全身相关表现
免疫力下降： 肠道菌群与人体免疫力密切相关，菌群失调可能使人体免疫力降低，更容易受到病菌侵袭，比如一个月内可能会感冒2 - 3次，比菌群正常时患病几率增加。营养不良： 肠道菌群失调会影响营养物质的消化吸收，长期可能导致营养不良，表现为体重下降，比如3个月内体重减轻2 - 5公斤等。
其他特殊表现
情绪变化： 肠道被称为“第二大脑”，肠道菌群失调可能影响神经递质的合成和传递，进而导致情绪出现变化，比如容易出现焦虑、抑郁等情绪，约40%的肠菌群失调患者会有不同程度的情绪异常。皮肤问题： 部分肠菌群失调患者可能出现皮肤问题，如痤疮，这是因为肠道菌群失调影响了身体的代谢和内分泌等，导致皮肤油脂分泌失衡等，约20% - 30%的肠菌群失调患者会出现痤疮等皮肤状况。