肠内菌群失调时，常见的症状有消化功能方面的表现，比如约70%的患者会出现腹胀、腹痛，尤其在进食后可能更为明显，还可能有腹泻或便秘的情况，腹泻时每天排便次数可能增多，可达3~5次甚至更多，粪便性状可能较稀，而便秘时排便困难，间隔时间延长。
消化系统症状表现
腹胀腹痛： 肠道菌群失调会影响食物的正常消化吸收，导致肠道内气体积聚，引起腹胀。而肠道内环境紊乱可能刺激肠道神经，引发腹痛，一般疼痛程度不一，有的为隐痛，有的可能较明显。腹泻或便秘： 当有益菌数量减少，有害菌等异常增多时，会影响肠道的蠕动和水分吸收。比如有害菌产生一些物质刺激肠道加速蠕动，就可能导致腹泻；而有益菌减少影响肠道正常的推进功能，可能出现便秘，便秘时排便费力，粪便干结。
全身症状表现
免疫力下降相关： 肠道菌群与人体免疫力密切相关，菌群失调后，人体免疫力可能受到影响，表现为容易感冒，相比菌群正常时，患病频率可能增加，比如原本一年感冒1~2次，菌群失调后可能增加到3~4次。还可能出现疲劳感，精神状态不佳，因为肠道功能紊乱影响了营养物质的吸收，身体得不到充足能量供应等。营养吸收障碍相关： 由于肠道菌群失调影响消化吸收，可能导致营养吸收不良，出现体重下降，若长期菌群失调，体重可能在1~3个月内下降2~5公斤左右。还可能出现维生素缺乏的表现，比如缺乏维生素B族时可能出现口角炎、舌炎等，缺乏维生素K时可能有凝血功能异常的倾向。
其他异常表现
情绪方面： 肠道和大脑有双向交流的“脑 - 肠轴”，菌群失调可能影响神经递质的合成等，从而导致情绪异常，约40%的菌群失调患者会出现焦虑、抑郁情绪，比如原本性格开朗的人可能变得容易烦躁、情绪低落等。皮肤问题： 肠道菌群失调可能反映到皮肤状态上，出现皮肤问题，比如长痤疮，因为肠道内环境紊乱可能通过血液循环等影响皮肤油脂分泌等，导致毛囊堵塞长痤疮；还可能出现皮肤过敏现象增多，相比菌群正常时，过敏频率可能提高，比如原本很少皮肤过敏，菌群失调后可能经常出现皮肤瘙痒、红斑等过敏表现。