胆固醇偏低可能由多种原因引起。一般来说，某些疾病因素可能导致胆固醇偏低，比如甲状腺功能亢进症，患者体内甲状腺激素分泌过多，会影响脂质代谢，使胆固醇水平降低。另外，严重肝病也可能造成胆固醇偏低，肝脏是合成胆固醇的重要场所，肝病患者肝脏功能受损，合成胆固醇的能力下降。
疾病相关因素
甲状腺功能亢进症： 甲状腺激素能影响胆固醇的代谢，甲亢患者甲状腺激素分泌过多，会加快胆固醇的分解，导致胆固醇水平低于正常范围。这类患者除了胆固醇低，往往还伴有多汗、心慌、手抖、消瘦等症状。严重肝病： 肝脏是合成胆固醇的主要器官，当患有重症肝炎、肝硬化等严重肝病时，肝脏合成胆固醇的能力大幅下降，从而使血液中胆固醇含量降低。患者可能会有乏力、食欲减退、黄疸等表现。
饮食方面因素
过度节食或营养不良： 如果长期节食，尤其是过度限制脂肪类食物的摄入，身体无法获取足够的胆固醇前体物质，就会导致胆固醇合成减少。比如有些人为了减肥，长时间只吃蔬菜、水果，很少吃含脂肪的食物，就可能出现胆固醇偏低的情况。一般每天摄入的脂肪应占总热量的20% - 30%，长期低于这个合理范围就可能有影响。特殊饮食结构： 一些人长期大量摄入素食，而植物性食物中胆固醇含量极低，若不能从其他途径补充足够的胆固醇，也会使体内胆固醇水平偏低。
其他因素
年龄与性别： 一般来说，年轻人胆固醇水平相对稳定，而老年人由于身体代谢功能减退，胆固醇合成减少，可能更容易出现胆固醇偏低的情况。另外，女性在绝经后，体内激素水平发生变化，胆固醇代谢也会受到影响，相对更容易出现胆固醇偏低的状况。比如绝经后的女性，胆固醇水平可能比同年龄段男性更低一些。长期服用某些药物： 某些药物也可能导致胆固醇偏低，比如一些降脂药中的烟酸类药物，在发挥降脂作用时，可能会影响胆固醇的合成或代谢，使胆固醇水平降低。如果正在长期服用这类药物，需要密切关注胆固醇水平。