两个肩膀头疼可能由多种原因引起。比如，肩周炎是常见原因之一，这种病症多见于40~60岁左右的人群，主要表现为肩部逐渐产生疼痛，夜间更为明显，且疼痛会逐渐加重，肩关节活动功能受限而且日益加重。
肌肉劳损方面
长时间保持不良姿势： 如果长时间伏案工作、低头看手机，或者长期从事需要肩部重复动作的工作，像织毛衣、操作机械等，就容易导致肩部肌肉劳损，从而引发两个肩膀头疼。一般来说，这类人群每天保持不良姿势的时间若超过4~6小时，就会增加肩膀头疼的风险。肌肉劳损引起的疼痛通常是酸痛，在适当休息后可能会有所缓解，但如果持续保持不良姿势，疼痛会反复出现。运动过度： 运动时如果肩部运动幅度过大、强度过高，比如过度进行游泳、打羽毛球等肩部频繁活动的运动，也会使肩部肌肉、韧带等组织受损，出现两个肩膀头疼的情况。通常运动后如果没有充分放松，24~48小时内可能就会感觉到肩膀不适。
颈椎病因素
颈椎间盘退变： 随着年龄增长，颈椎间盘会发生退变，当颈椎间盘突出、增生的骨质等压迫到颈部神经根时，就可能会放射到肩部，引起两个肩膀头疼。一般30岁以上人群颈椎开始出现退变，50岁左右人群中约80%有不同程度的颈椎退变。颈椎病导致的肩膀疼往往还伴有上肢麻木、无力等症状，颈部活动时疼痛可能会加重。颈椎管狭窄： 颈椎管狭窄会使脊髓、神经根等受到压迫，也会引发肩部疼痛。颈椎管狭窄的患者可能会在行走一段距离后出现下肢无力、麻木等症状，同时肩部也会有疼痛不适。
肩部外伤影响
急性外伤： 肩部受到直接的撞击、摔倒时肩部着地等急性外伤，可能会导致肩部肌肉、骨骼等损伤，出现两个肩膀头疼。比如打篮球时肩部被撞击，或者从高处跌落肩部着地，受伤后立刻就能感觉到肩膀疼痛，可能还伴有肿胀、淤血等表现。慢性损伤积累： 肩部长期受到微小的损伤，逐渐积累也会引发疼痛。像经常搬抬重物，虽然每次搬抬的重量不大，但长期积累下来，肩部组织就会受损，出现两个肩膀头疼的情况。这种慢性损伤引起的疼痛可能初期不明显，随着时间推移会逐渐加重。