睡觉起来发生肩膀疼痛，主要可能源于以下几方面原因：
一、夜晚睡眠时肩关节长时间受压，致使血液循环不畅从而引发疼痛。具体来说，当肩关节长时间处于被压迫状态时，会阻碍血液正常流动，血液中的氧气和营养物质不能及时输送到肩部组织，代谢废物也不能顺利排出，进而导致肩部肌肉、肌腱等出现缺氧、缺血的情况，引起疼痛、酸胀等不适感觉。
二、可能是落枕以及局部受到风寒刺激所致。落枕可能会导致颈部和肩部肌肉紧张、痉挛，进而引起疼痛。而风寒刺激会使肩部的血管收缩，影响血液循环，也容易引发疼痛。比如在夜间睡眠时肩部暴露在外，受到寒冷空气的侵袭，就可能出现这种情况。
三、可能与颈椎病、肩周炎有关，或者是白天进行高强度体育运动时肩膀肌肉用力不当发生损伤引起。颈椎病可能压迫神经，引起肩部放射性疼痛。肩周炎则会导致肩部活动受限和疼痛。如果白天进行了诸如举重、投掷等高强度的体育运动，肩部肌肉可能会因为过度收缩、拉伸或不正确的动作而受到损伤，从而出现疼痛。
出现这种情况后，患者可以在医师指导下，适当口服消炎镇痛药物来缓解，比如洛索洛芬钠，或局部涂抹镇痛软膏来减轻疼痛。
总之，睡觉起来肩膀疼痛的原因多样，需要根据具体情况进行分析和处理，必要时应寻求专业医生的帮助。