生化妊娠和宫外孕可以从多个方面来鉴别。首先，血HCG数值变化不同是重要鉴别点之一。生化妊娠时，血HCG一般会小于200IU/L，而且会逐渐下降；而宫外孕时，血HCG值通常低于正常宫内妊娠，而且翻倍不良，比如正常宫内孕血HCG大概1.5-2天会翻倍，宫外孕则往往翻倍时间延长。
血HCG表现差异
生化妊娠：血HCG水平上升不明显，一般小于200IU/L，之后会逐渐下降。宫外孕：血HCG值低于正常宫内妊娠水平，而且翻倍情况不佳，通常翻倍时间大于2天。
超声检查表现不同
生化妊娠：超声检查宫腔内看不到妊娠囊。宫外孕：超声检查在宫腔外能发现异常包块，比如输卵管部位等可能看到妊娠相关的影像。
临床症状表现区别
生化妊娠：多数人可能没有明显腹痛，或者仅有轻微腹痛，阴道流血类似月经，可能稍多一些。宫外孕：会有腹痛症状，多为一侧下腹部隐痛或酸胀感，随着胚胎在输卵管等部位着床发育，可能出现一侧下腹部撕裂样疼痛，同时阴道流血一般是少量点滴状，颜色暗红。
发生机制不同
生化妊娠：主要是受精卵着床失败，虽然精卵结合形成了受精卵，但没有成功在子宫着床。宫外孕：是受精卵在子宫体腔以外的部位着床，常见的是输卵管妊娠，这是因为输卵管炎症等原因导致输卵管通而不畅，使受精卵运行受阻，停留在输卵管部位着床发育。