脑积水是由于脑脊液生成或循环吸收过程发生障碍而致脑脊液量过多，压力增高，扩大了正常脑脊液所占有的空间，从而继发颅压增高、脑室扩大的总称。引起脑积水的原因有多种，以下是常见的几类情况。
先天性因素导致
先天畸形： 比如中脑导水管狭窄、第四脑室中孔或侧孔闭锁等，这会使脑脊液循环通路在胎儿时期就出现梗阻。据统计，因先天畸形引发脑积水的比例占相当一部分。染色体异常： 某些染色体发育异常的情况，也可能影响脑脊液的正常循环，进而导致脑积水的发生。
感染因素引起
颅内感染： 新生儿时期如果发生脑膜炎，如化脓性脑膜炎、结核性脑膜炎等，炎症会导致脑脊液循环通道粘连、堵塞。例如，结核性脑膜炎发病后，炎性渗出物可能阻塞脑脊液的正常流通途径。寄生虫感染： 像脑囊虫病等寄生虫感染，虫体及其代谢产物也可能阻碍脑脊液的循环，从而引发脑积水。
出血因素造成
颅内出血： 新生儿产伤导致的颅内出血，或者脑血管畸形破裂出血等，血液在颅内积聚，会影响脑脊液的吸收和循环。比如，新生儿颅内出血后，血凝块可能堵塞脑脊液的通道。外伤后出血： 头部受到外伤后引起的颅内出血，如果没有得到及时有效的处理，血液吸收不良也可能导致脑积水。
其他因素导致
肿瘤： 颅内的肿瘤会占据空间，压迫脑脊液循环通路，使脑脊液流通受阻。例如，第三脑室、第四脑室附近的肿瘤，更容易影响脑脊液的正常循环。维生素A缺乏： 有研究发现，孕妇在孕期维生素A缺乏，可能会增加胎儿发生脑积水的风险，但具体机制还在进一步研究中。