新生儿出现黄疸主要是因为新生儿体内胆红素代谢特点导致的。新生儿出生后，胆红素产生相对过多，而肝脏对胆红素的摄取、结合和排泄能力不足，约60%足月儿和80%早产儿在生后2-3天会出现黄疸。
胆红素产生过多方面
红细胞寿命短： 新生儿的红细胞寿命相对较短，一般为70-90天，而成人红细胞寿命约120天，所以新生儿红细胞更新快，产生胆红素的量就相对增多。血红蛋白分解多： 新生儿体内血红蛋白含量比成人高，出生后血红蛋白会大量分解，进而生成较多的胆红素。例如，足月新生儿每克血红蛋白可产生35mg胆红素，而成人每克血红蛋白产生31mg胆红素，新生儿血红蛋白分解产生的胆红素量更多。
肝脏处理胆红素能力不足方面
摄取胆红素能力弱： 新生儿肝脏内Y、Z蛋白含量低，出生后1周内才达到成人水平，这两种蛋白是摄取胆红素的重要载体，所以新生儿摄取胆红素的能力较弱。结合胆红素能力不足： 肝脏中尿苷二磷酸葡萄糖醛酸基转移酶（UDPGT）活性低下，仅为成人的1%-2%，该酶是将未结合胆红素转化为结合胆红素的关键酶，所以新生儿结合胆红素的能力不足，使得未结合胆红素容易在体内积聚。
肠肝循环特点方面
肠道菌群未建立完善： 新生儿出生时肠道内几乎无菌，生后数小时肠道开始出现细菌，要建立完善的肠道菌群需要一定时间。肠道菌群中的β-葡萄糖醛酸苷酶活性高，它能将结合胆红素水解成未结合胆红素，又重新吸收入血，形成肠肝循环，使得血中的胆红素增加，从而加重黄疸。