总起口腔溃疡的原因有多种，其中约20% - 30%的人是由于免疫因素导致总起口腔溃疡，比如自身免疫系统紊乱时，机体容易攻击自身组织，包括口腔黏膜，从而频繁引发溃疡。
免疫因素相关
自身免疫反应过强： 当人体的免疫系统出现异常时，会错误地将口腔黏膜细胞当作外来病原体进行攻击，进而导致口腔溃疡反复发作。例如，一些患有自身免疫性疾病的人群，像白塞病患者，口腔溃疡往往是其常见症状之一，且容易频繁发作。免疫功能低下： 当人体免疫功能低下时，抵御病原体的能力减弱，口腔内的潜在病菌就容易趁虚而入，引发口腔溃疡。比如长期熬夜、过度劳累的人，免疫功能可能会暂时下降，此时就比较容易总起口腔溃疡。
维生素与微量元素缺乏
维生素B族缺乏： 维生素B族中的B2、B6等对维持口腔黏膜的正常代谢非常重要。如果日常饮食中摄入富含维生素B族的食物过少，如长期不吃粗粮、新鲜蔬菜和水果，就容易导致维生素B族缺乏，从而增加口腔溃疡的发生几率。一般来说，成年人每天需要摄入一定量的维生素B族，其中维生素B2的推荐摄入量男性约为1.4mg/天，女性约为1.2mg/天。微量元素锌缺乏： 锌参与人体多种酶的合成和代谢，对口腔黏膜的修复和免疫功能有重要作用。当人体缺乏锌时，会影响口腔黏膜的正常修复，使得口腔溃疡容易反复出现。例如，一些素食者如果不注意补充含锌丰富的食物，如坚果、瘦肉等，就可能出现锌缺乏的情况，进而总起口腔溃疡。
局部刺激因素
牙齿锐利边缘： 口腔内如果有残根、残冠或者不合适的假牙等，其锐利的边缘会不断摩擦口腔黏膜，长时间的摩擦就会导致局部黏膜破损，引发口腔溃疡，而且这种口腔溃疡容易反复发生。比如有的患者牙齿有残根，长期刺激口腔内壁，就会经常长口腔溃疡。不良口腔习惯： 经常咬颊、咬唇或者刷牙时用力过猛等不良口腔习惯，会损伤口腔黏膜，使得口腔黏膜容易受损后引发溃疡，并且如果不良习惯不改正，就会导致口腔溃疡反复出现。例如，有的孩子有咬唇的习惯，就比较容易经常长口腔溃疡。