四环素使用后可能出现副作用，但并非所有人都会出现且严重程度各异。
胃肠道反应
可能引起恶心、呕吐、腹痛、腹泻等胃肠道不适症状，这是因为四环素可刺激胃肠道黏膜，影响胃肠道正常的消化和蠕动功能，尤其空腹用药时更易发生。
肝毒性
大剂量静脉给药可能导致肝毒性，原本有肝脏疾病的患者更易出现，因为肝脏是药物代谢的重要器官，四环素在肝内代谢可能加重肝脏负担。
对牙齿和骨骼发育的影响
孕妇、哺乳期妇女及8岁以下儿童使用四环素，可沉积在牙齿和骨骼中，导致牙齿发黄、牙釉质发育不良及骨骼生长抑制，这是由于四环素能与钙结合，影响儿童正在发育的牙齿和骨骼组织。
过敏反应
少数人可能出现皮疹、药物热等过敏反应，这是机体对四环素产生的免疫应答异常，属于超敏反应范畴。