甲状腺功能减退的原因有多种。其中自身免疫性疾病是常见原因之一，比如自身免疫性甲状腺炎，约占所有甲状腺功能减退病因的90%左右。另外，甲状腺手术也是一个重要因素，当因甲状腺结节、甲状腺癌等疾病进行甲状腺部分或全部切除术后，就容易出现甲状腺功能减退。还有放射性碘治疗，一些甲亢患者接受放射性碘治疗后，随着时间推移，也可能逐渐发展为甲状腺功能减退。
自身免疫性疾病相关原因
自身免疫性甲状腺炎： 像慢性淋巴细胞性甲状腺炎（桥本病），是由于自身免疫系统错误地攻击甲状腺组织，导致甲状腺滤泡细胞受损，影响甲状腺激素的合成和分泌。患者体内会产生针对甲状腺的抗体，如甲状腺过氧化物酶抗体（TPOAb）和甲状腺球蛋白抗体（TgAb），这些抗体水平升高提示存在自身免疫性甲状腺炎的可能。
甲状腺手术相关原因
甲状腺部分或全部切除： 如果因为病情需要进行了甲状腺手术，比如甲状腺癌患者进行了甲状腺癌根治术，手术过程中切除了过多的甲状腺组织，剩余的甲状腺组织分泌的甲状腺激素不足以维持身体正常代谢需求，就会引发甲状腺功能减退。一般来说，甲状腺切除越多，发生甲状腺功能减退的概率越高。
放射性碘治疗相关原因
放射性碘治疗后： 对于甲亢患者采用放射性碘 - 131治疗时，放射性碘会破坏甲状腺细胞，虽然能有效治疗甲亢，但也可能导致甲状腺组织被过度破坏，使得甲状腺激素分泌减少。通常在放射性碘治疗后的几个月到几年内，部分患者会逐渐出现甲状腺功能减退的表现。