子宫功能性出血是由于神经内分泌系统功能失调引起的异常子宫出血，其原因较为复杂。一般来说，下丘脑-垂体-卵巢轴的功能紊乱是常见因素。
内分泌失调因素
激素失衡： 女性体内雌激素和孕激素的分泌失调是导致子宫功能性出血的重要原因。比如，长期单一的雌激素刺激子宫内膜，使其持续增生，而没有孕激素的拮抗作用，就容易引发出血。例如，青春期女性由于下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴尚未完全成熟，激素分泌不稳定，可能出现雌激素水平相对偏高的情况，从而导致功能性出血。围绝经期女性： 随着年龄增长，卵巢功能逐渐衰退，激素分泌紊乱，也常发生子宫功能性出血。此时卵泡发育异常，排卵不规律，激素波动较大，容易引起子宫内膜不规则脱落或增生，进而导致出血。
子宫内膜因素
子宫内膜息肉： 子宫内膜局部过度生长形成息肉，会影响子宫的正常收缩和内膜修复，导致子宫功能性出血。据统计，约有 25% - 35% 的子宫功能性出血与子宫内膜息肉有关。息肉会使子宫内膜面积增大，血供丰富，容易发生出血。子宫内膜增生： 长期无排卵的情况下，子宫内膜持续受雌激素刺激，缺乏孕激素转化，会出现不同程度的增生，严重时可发展为不典型增生，这也是引起子宫功能性出血的常见原因。例如，多囊卵巢综合征患者常存在排卵障碍，子宫内膜长期受雌激素影响，易发生增生性改变，进而导致出血。
全身性疾病因素
血液系统疾病： 某些血液系统疾病会影响凝血功能，从而导致子宫功能性出血。像血小板减少性紫癜，患者体内血小板数量减少或功能异常，凝血机制出现障碍，容易出现子宫异常出血的情况。再如，白血病患者骨髓造血功能异常，也可能影响凝血，引发子宫功能性出血。甲状腺疾病： 甲状腺功能亢进或减退都会影响内分泌系统的平衡，进而影响月经周期和子宫出血情况。甲状腺激素分泌异常会干扰下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的正常功能，导致激素分泌紊乱，引起子宫功能性出血。例如，甲状腺功能亢进时，机体代谢加快，可能影响月经的规律性，出现子宫出血异常的现象。