胃肠型感冒主要是由病毒感染引起的，其中最常见的是柯萨奇病毒，同时伴有细菌混合感染。一般来说，机体抵抗力下降时更容易被病毒侵袭而发病。
病毒感染是主因
柯萨奇病毒感染： 柯萨奇病毒是引起胃肠型感冒的常见病原体之一，它会侵犯胃肠道和上呼吸道，导致胃肠功能紊乱等一系列症状。其他病毒感染： 像埃可病毒等也可能引发胃肠型感冒，这些病毒通过呼吸道侵入人体后，进而影响到胃肠道。
自身抵抗力因素
儿童易发病： 儿童的免疫系统还不完善，相比成年人更容易受到病毒的侵袭，所以儿童患胃肠型感冒的几率相对较高。比如在幼儿园等集体场所，儿童之间病毒传播较容易导致发病。免疫力低下人群： 长期营养不良、过度劳累、患有慢性疾病等导致免疫力低下的人，身体抵御病毒的能力减弱，更容易感染病毒引发胃肠型感冒。例如一些患有糖尿病等慢性疾病的患者，抗病能力差，就比较容易得胃肠型感冒。
环境因素影响
气候突变： 当气温骤降等气候突变时，人体的呼吸道黏膜防御功能会受到影响，这时候病毒就容易入侵。比如在季节交替的时候，气温不稳定，胃肠型感冒的发病率可能会有所升高。接触传染源： 处于人员密集且通风不好的场所，如商场、公共交通工具等，容易接触到病毒携带者，从而增加感染胃肠型感冒病毒的风险。如果周围有人患胃肠型感冒，通过空气飞沫等传播途径，就可能被传染。