肛周脓肿形成的原因主要与肛腺感染、肛门周围皮肤感染以及身体免疫力下降等因素有关。据临床统计，约50%以上的肛周脓肿是由肛腺感染引发的。
肛腺感染导致
肛腺堵塞： 肛腺开口于肛管直肠交界处的肛窦处，若肛窦发生损伤，比如腹泻时粪便刺激肛窦，就容易导致肛腺堵塞。肛腺堵塞后，腺体内的分泌物无法正常排出，就会引发感染。一旦感染扩散，就可能形成肛周脓肿。细菌入侵： 肛窦处容易残留粪便，从而滋生细菌，这些细菌会侵入肛腺，引起肛腺炎。炎症进一步向周围组织蔓延，就可能形成肛周脓肿。
肛门周围皮肤感染引起
皮肤破损感染： 肛门周围的皮肤如果受到外伤，比如被异物划伤、蚊虫叮咬后搔抓导致破损等，细菌就容易从破损处侵入皮肤及皮下组织，引发感染，进而形成肛周脓肿。例如，长期腹泻的人，肛门周围皮肤经常受到粪便刺激，容易出现破损，增加感染风险。毛囊汗腺感染： 肛门周围的毛囊和汗腺较多，当毛囊或汗腺发生感染时，也可能发展为肛周脓肿。比如，夏季出汗多，毛囊汗腺容易被汗液堵塞，滋生细菌，引发感染。
身体免疫力下降所致
糖尿病患者： 糖尿病患者由于血糖控制不佳，身体的免疫力相对较低，容易受到细菌感染。而且高血糖环境有利于细菌生长繁殖，一旦肛门周围有轻微的感染病灶，就容易扩散形成肛周脓肿。据研究，糖尿病患者发生肛周脓肿的概率比正常人高2 - 3倍。长期服用免疫抑制剂者： 像一些器官移植术后需要长期服用免疫抑制剂的患者，他们的免疫系统受到抑制，抵抗力下降，容易发生各种感染，包括肛门周围的感染，进而引发肛周脓肿。