肛周脓肿形成的原因主要有以下这些方面。一般来说，肛周脓肿多与肛腺感染等因素相关。
肛腺感染引发
肛腺阻塞： 肛腺开口于肛管直肠交界处的肛窦处，肛窦易受粪便损伤而感染，进而累及肛腺。当肛腺导管被阻塞时，腺体内的分泌物无法排出，就容易引发感染。据统计，约80%的肛周脓肿由肛腺感染起始。感染扩散： 肛腺感染后炎症会向周围组织蔓延，比如向肛管直肠周围的间隙扩散，从而形成肛周脓肿。
肛门局部损伤导致
外伤磕碰： 肛门部位受到外力撞击、摩擦等外伤时，容易使皮肤黏膜受损，细菌等病原体趁机侵入，引发感染形成脓肿。比如久坐硬物、剧烈运动时的意外碰撞等情况都可能导致肛门局部损伤进而诱发肛周脓肿。医源性损伤： 一些医疗操作也可能造成肛门局部损伤引发感染，像肛门指诊、肠镜检查等，如果操作不当，可能损伤肛管直肠黏膜，为细菌入侵创造条件，从而导致肛周脓肿。
全身抵抗力下降因素
营养不良： 长期营养不良会使身体的免疫力降低，当机体抵抗力较弱时，容易受到细菌等病原体的侵袭。例如长期挑食、节食的人，蛋白质、维生素等营养物质摄入不足，就更容易发生肛周感染形成脓肿。患有基础疾病： 一些基础疾病会影响身体的免疫力，比如糖尿病患者，由于血糖控制不佳，机体的抗感染能力下降，容易并发肛周感染，进而引发肛周脓肿。据临床观察，糖尿病患者发生肛周脓肿的几率比正常人高2 - 3倍。