长病毒性软疣可以通过多种方法治疗，一般可以采用物理治疗等方式，比如约70%左右的患者通过冷冻治疗能去除疣体。
物理治疗方法
冷冻治疗： 利用低温使疣体组织坏死脱落。医生会用冷冻探头接触疣体，一般单次冷冻可能需要几分钟，可能需要多次治疗才能完全清除疣体。刮除术： 医生用特制的刮匙将疣体刮除。操作时要注意深度，避免损伤周围正常皮肤，刮除后局部可能会有轻微出血，需要做好消毒等后续处理。
局部药物治疗
斑蝥素： 是一种可以引起局部炎症反应的药物，涂抹在疣体上，能促使疣体脱落，但使用时要注意不要涂到正常皮肤，以免引起刺激。水杨酸： 具有角质溶解作用，可通过涂抹使疣体逐渐剥脱。一般需要连续涂抹一段时间，比如每周涂抹几次，坚持数周可能看到效果，但起效相对较慢。
自身免疫调节相关方法
免疫疗法： 对于免疫力较低容易反复发作的患者可能会考虑。比如可以通过一些方式来调节机体免疫，但这种方法相对应用较少，需要在医生评估后根据具体情况选择。比如对于儿童患者，如果疣体较多且反复发作，医生会综合考虑是否采用免疫相关的辅助治疗，但要谨慎选择，因为儿童免疫系统尚不完善，需特别注意安全性。病毒性软疣具有一定传染性，在治疗过程中要注意避免搔抓疣体，防止自身接种传播，同时要注意个人卫生，保持皮肤清洁，患者使用过的衣物、毛巾等物品要进行消毒处理，避免与他人共用，以防传染给他人。