肠道菌群失调的症状多样，比如约30%-40%的肠道菌群失调患者会出现消化道不适症状。
消化道不适症状
腹痛： 部分肠道菌群失调者会有腹痛表现，疼痛程度不一，可为隐痛、胀痛等。一般是因为肠道内菌群失衡，影响肠道正常蠕动和消化功能，导致肠道痉挛或功能紊乱从而引发腹痛。腹泻： 相当一部分肠道菌群失调者会出现腹泻，每天排便次数可能增多，可达3-5次甚至更多，粪便性状稀薄，可能呈水样便。这是因为肠道菌群失调后，有益菌减少，有害菌或条件致病菌大量繁殖，破坏肠道正常的吸收和分泌功能，导致水分和电解质紊乱，引起腹泻。便秘： 也有部分肠道菌群失调者会出现便秘情况，表现为排便困难，排便次数减少，每周排便少于3次，粪便干结。这是由于肠道菌群失调影响了肠道的正常蠕动和粪便的形成，使得肠道推动粪便的能力下降。
全身症状表现
疲劳乏力： 约20%-30%的肠道菌群失调者会有疲劳乏力的感觉。这是因为肠道是人体重要的消化和吸收器官，菌群失调后，营养物质的消化吸收受到影响，身体获取能量不足，同时肠道菌群代谢产生的一些物质异常，可能影响神经系统的功能，从而导致疲劳乏力。免疫力下降： 肠道菌群失调可能会使人体免疫力下降，表现为容易感冒、感染等。正常肠道菌群对维持人体免疫力有重要作用，有益菌可以刺激肠道相关淋巴组织，产生免疫球蛋白等，菌群失调后，这些功能受到影响，导致免疫力降低。
其他相关症状
皮肤问题： 约10%-15%的肠道菌群失调者可能出现皮肤问题，比如长痘痘、皮肤干燥、瘙痒等。这是因为肠道与皮肤有一定的关联，肠道菌群失调后，可能影响体内的代谢产物排出，或者通过一些神经 - 内分泌 - 免疫途径影响皮肤的正常功能。情绪变化： 部分肠道菌群失调者可能出现情绪方面的变化，如焦虑、抑郁等。因为肠道和大脑之间有肠 - 脑轴，肠道菌群产生的一些神经递质等物质会通过肠 - 脑轴影响大脑的功能和情绪，菌群失调后，这种平衡被打破，就可能导致情绪变化。