耳垂底部疙瘩并伴有疼痛，可能是由以下原因引起的：
1.皮脂腺囊肿：由于皮脂腺排泄管阻塞，皮脂腺囊状上皮被逐渐增多的内容物膨胀所形成的潴留性囊肿。这是一种良性疾病，通常不会恶变，但如果继发感染可引起疼痛。
2.耳垂瘢痕疙瘩：耳垂部位受到外伤或感染后，可能会形成瘢痕疙瘩，伴有疼痛和瘙痒。
3.耳部感染：如中耳炎、外耳道炎等，也可能导致耳垂底部疙瘩和疼痛。
4.其他：淋巴结炎、脂肪瘤等也可能引起类似症状。
针对这种情况，建议采取以下措施：
1.注意耳部卫生，避免搔抓和挤压疙瘩。
2.保持耳部清洁干燥，避免进水。
3.可以使用热敷的方法缓解疼痛，但要注意温度不宜过高。
4.如果疼痛持续不缓解或加重，或出现发热、耳部流脓等症状，应及时就医。医生可能会进行详细的耳部检查，如血常规、耳部超声等，以明确病因，并给予相应的治疗。
需要注意的是，以上内容仅供参考。由于引起耳垂底部疙瘩和疼痛的原因较多，具体治疗方法应根据个人情况和医生的建议进行选择。在治疗过程中，应遵循医生的指导，按时用药，并注意观察病情变化。如果对耳部健康有任何疑虑，应及时咨询医生。