嘴巴溃疡的原因有多种。一般来说，约20% - 30%的嘴巴溃疡与遗传因素有关，若父母双方都有复发性口腔溃疡，子女发病风险会明显增高。
一、局部创伤因素
口腔内机械性损伤： 比如刷牙时用力过猛、牙齿有锐利的边缘或残根残冠等，都可能划伤口腔黏膜，从而引发溃疡。一般这种情况导致的溃疡，会在1 - 2周内逐渐愈合，但如果持续不愈，就需要及时处理。不良咬合关系： 长期存在错颌畸形等不良咬合关系，牙齿不断摩擦口腔黏膜，也容易诱发嘴巴溃疡。例如有的患者上下牙齿咬合时，某一部位总是过度接触摩擦，就会反复出现溃疡。
二、缺乏营养素
维生素缺乏： 尤其是维生素B族（如B2、B6、B12等）和维生素C缺乏时，容易导致嘴巴溃疡。比如长期挑食、节食的人，很可能因为维生素摄入不足而引发溃疡。一般来说，正常成年人每天需要摄入维生素B族约1.2 - 1.5毫克，维生素C约100毫克，缺乏时就可能出现口腔问题。微量元素缺乏： 像锌、铁等微量元素缺乏也与嘴巴溃疡有关。锌参与人体多种酶的合成，缺乏锌会影响细胞的正常分裂和修复，从而容易引发溃疡；铁是合成血红蛋白的重要原料，缺铁会导致免疫力下降，也可能增加嘴巴溃疡的发生几率。
三、免疫系统因素
自身免疫性疾病： 如白塞病，这是一种慢性自身免疫性疾病，嘴巴溃疡是其常见症状之一，往往还会伴有眼部、生殖器等部位的溃疡或炎症。患者体内的免疫系统会错误地攻击自身组织，导致口腔黏膜反复出现溃疡。免疫力低下： 当人体免疫力低下时，比如患有糖尿病、艾滋病等疾病，或者长期熬夜、过度劳累、精神压力过大时，身体的防御能力下降，就容易受到病原体侵袭，从而引发嘴巴溃疡。例如长期熬夜的人，身体处于疲劳状态，免疫力降低，嘴巴溃疡的发生率会明显高于作息规律的人。