脐尿管瘘主要是先天性发育异常引起的。在胚胎发育过程中，脐尿管原本是连接膀胱与脐部的管道，正常情况下，胎儿出生后脐尿管会逐渐闭锁退化，如果脐尿管未完全闭锁，就会形成脐尿管瘘，这是最主要的引发原因。
胚胎发育因素
胚胎早期阶段：在胚胎发育至第4 - 7周时，尿囊开始形成，它是从膀胱顶部向脐部延伸的结构。正常情况下，到胚胎发育的第9周左右，尿囊会逐渐闭锁退化，最终形成脐正中韧带。如果在这个过程中出现异常，尿囊没有完全闭锁，就为脐尿管瘘的形成埋下了隐患。个体差异影响：不同个体的胚胎发育情况存在一定差异，有些胎儿的脐尿管闭锁过程出现延迟或者闭锁不完全的概率相对较高，这就使得他们更容易患上脐尿管瘘。
先天结构异常相关
脐尿管完全未闭锁：这是比较严重的一种先天结构异常情况，此时膀胱与脐部之间会有一个持续开放的通道，尿液就会从膀胱通过这个未闭锁的脐尿管从脐部漏出，从而引发脐尿管瘘。脐尿管部分未闭锁：即使是部分未闭锁，也会导致尿液能够通过未闭锁的部分从脐部排出，只是程度可能相对较轻，但同样会造成脐尿管瘘的病理状态。
其他相关因素
感染因素的诱发：虽然感染本身不是脐尿管瘘的原发性病因，但如果脐尿管部位发生感染，可能会加重脐尿管瘘的症状或者影响病情的发展。例如，感染可能导致局部组织炎症反应加重，使得脐尿管瘘处的渗出等情况更加明显，不过感染是在先天发育异常基础上可能出现的继发性影响因素。后天损伤的干扰：后天的腹部外伤等情况一般不会直接引起脐尿管瘘，但如果外伤波及到脐尿管相关区域，可能会对原本就存在发育异常的脐尿管造成进一步的刺激，不过这种情况相对较少见，脐尿管瘘主要还是以先天性发育异常为主要的引发原因。