肛瘘主要是由肛管直肠周围脓肿引起的，大约90%的肛瘘是因肛管直肠周围脓肿自行破溃或切开引流后遗留的后遗症。
肛周感染因素
肛腺感染： 肛腺开口于肛管直肠交界处的肛窦处，肛窦易受损伤及细菌的侵入，引发感染。感染可蔓延至肛腺，导致肛腺炎，炎症向肛管直肠周围间隙扩散，就可能形成肛瘘。比如，腹泻时肠道细菌容易进入肛窦，增加肛腺感染风险。直肠肛管损伤： 外伤、吞咽骨头或异物，或者肛门直肠手术等，都可能造成直肠肛管损伤，使细菌侵入伤口引发感染，进而形成肛瘘。像肛门直肠部的手术，如果操作不当，就可能破坏正常的组织屏障，为细菌感染创造条件。
特定疾病引发
克罗恩病： 这是一种慢性炎性肉芽肿性疾病，可累及胃肠道各部位，在肠道发生炎症、溃疡等病变过程中，容易并发肛瘘。患者除了肛瘘表现外，还可能有腹痛、腹泻等肠道症状。溃疡性结肠炎： 是一种慢性非特异性肠道炎症性疾病，病变主要局限于大肠黏膜及黏膜下层。当病情累及肛管时，也有可能引发肛瘘，患者常出现腹泻、黏液脓血便等症状。
其他相关因素
糖尿病患者： 这类患者由于血糖控制不佳，身体抵抗力相对较低，容易发生各种感染，包括肛周感染，从而增加肛瘘的发生几率。据统计，糖尿病患者发生肛周感染的概率比非糖尿病患者高很多。免疫功能低下者： 比如长期使用免疫抑制剂的患者，或者患有艾滋病等免疫缺陷疾病的人，身体抵御细菌感染的能力减弱，肛管直肠周围容易反复感染，进而引发肛瘘。