脐尿管瘘主要是先天性发育异常导致的。在胚胎发育过程中，脐尿管未能正常闭合，就可能引发脐尿管瘘。正常情况下，胎儿发育到一定阶段，脐尿管会逐渐闭锁成为脐正中韧带，但如果发育异常，脐尿管保持开放状态，就会形成脐尿管瘘。
胚胎发育因素导致
胚胎时期的异常分化： 在胚胎发育的第4 - 7周时，尿囊与膀胱顶部相连，正常情况下尿囊会逐渐退化闭锁，成为脐正中韧带。如果尿囊的脐端与膀胱端之间的部分没有退化，就会形成脐尿管瘘。这是一种先天性的结构异常，从胚胎形成阶段就已经埋下了隐患。遗传因素的潜在影响： 虽然目前具体的遗传关联机制还不是完全清晰，但有研究表明，某些遗传因素可能会增加胚胎发育过程中出现脐尿管未正常闭合的风险。不过这种遗传因素并不是单一基因决定的简单情况，而是多个基因与环境因素相互作用的结果。
局部解剖结构异常相关
脐尿管的结构特点： 脐尿管是连接脐部与膀胱的一条管状结构，正常长度较短。如果在发育过程中，脐尿管的管径、走行等出现异常，比如管径比正常情况粗，或者走行方向偏离正常路径，就容易导致尿液可以通过未闭合的脐尿管从脐部漏出，从而形成脐尿管瘘。周围组织发育不协调： 脐尿管周围的组织，如腹壁肌肉、结缔组织等在胚胎发育过程中如果与脐尿管的发育不协调，也可能影响脐尿管的正常闭合。例如腹壁肌肉发育不良，无法对脐尿管起到良好的包裹和固定作用，使得脐尿管保持开放状态。
其他可能的诱发因素
孕期不良因素影响： 孕妇在孕期如果受到一些不良因素的影响，也可能影响胎儿脐尿管的发育。比如孕期感染某些病毒，如风疹病毒等，可能会干扰胚胎的正常发育过程，增加脐尿管未正常闭合的概率。另外，孕期接触某些有害物质，如放射性物质、某些化学毒物等，也可能对胎儿的泌尿系统发育产生不良影响，进而导致脐尿管瘘的发生。不过这种情况相对胚胎发育本身的异常来说，发生概率相对较低，但也是需要考虑的潜在因素。