三个月的宝宝睡觉老是摇头，可能是由以下原因引起的。
1.生理原因：
宝宝神经系统发育不完善：宝宝的神经系统还没有完全发育成熟，容易受到外界刺激的影响，导致睡觉时摇头。
宝宝头皮瘙痒：宝宝的新陈代谢旺盛，头部容易出汗，如果不及时清洗，就会导致头皮瘙痒，从而引起摇头。
宝宝缺钙：如果宝宝缺钙，会导致神经兴奋性增加，容易出现多汗、摇头等症状。
2.病理原因：
湿疹：如果宝宝头部有湿疹，会导致瘙痒，从而引起摇头。
中耳炎：如果宝宝患有中耳炎，会出现耳部疼痛、瘙痒等症状，也会导致摇头。
其他：如果宝宝患有其他疾病，如佝偻病、脑积水等，也会出现摇头等症状。
如果宝宝只是偶尔摇头，精神状态良好，吃奶、睡眠正常，可能是生理原因引起的，家长不用过于担心。如果宝宝经常摇头，伴有哭闹、烦躁、多汗、睡眠不安等症状，可能是病理原因引起的，家长需要及时带宝宝去医院就诊，明确病因，以便进行针对性治疗。