三个月宝宝睡觉摇头，通常是由以下原因引起：
1.正常的生理现象：宝宝的前庭功能还未发育完善，会出现摇头的情况，这是正常的生理现象，通常会随着宝宝的成长逐渐消失。
2.皮肤问题：宝宝的头部容易出汗，如果没有及时清理，汗液会刺激头皮，导致宝宝不舒服，从而出现摇头的现象。此外，湿疹、痱子等皮肤问题也可能导致宝宝头部瘙痒，引起摇头。
3.环境因素：如果宝宝所处的环境温度过高、过低，或者空气过于干燥、潮湿，都可能影响宝宝的睡眠，导致宝宝出现摇头的现象。
4.维生素D缺乏性佝偻病：维生素D缺乏性佝偻病的早期表现之一就是多汗，宝宝会出现摇头、烦躁、哭闹等症状。此外，宝宝还可能出现方颅、鸡胸、漏斗胸等骨骼改变。
5.中耳炎：如果宝宝患有中耳炎，会出现耳部疼痛、瘙痒等症状，从而导致宝宝摇头。此外，宝宝还可能出现哭闹、发热等症状。
6.其他：宝宝在浅睡眠状态时，也可能出现摇头的现象。此外，一些神经系统疾病、耳部疾病等也可能导致宝宝睡觉摇头。
如果宝宝睡觉摇头的情况比较严重，或者伴有其他异常症状，建议及时就医，明确原因，并进行相应的治疗。同时，家长也要注意保持宝宝的头部清洁干燥，给宝宝营造一个舒适的睡眠环境。