三个月的宝宝睡觉老是摇头，可能是由以下原因引起的：
1.生理原因：
宝宝神经系统发育不完善，摇头可能是一种正常的生理现象。
宝宝头部出汗多，汗液刺激头皮，也会引起宝宝摇头。
2.环境因素：
室内温度过高、被子太厚等，会使宝宝感觉不舒服，从而出现摇头的现象。
环境嘈杂、光线强烈等，也可能影响宝宝的睡眠，导致摇头。
3.皮肤问题：
宝宝头皮有湿疹、痱子等，会导致瘙痒，引起宝宝摇头。
宝宝头上有头垢，也可能会让宝宝感到不舒服。
4.缺钙：
维生素D缺乏性佝偻病的早期表现之一就是多汗、摇头。
宝宝缺钙还可能伴有夜惊、夜啼、烦躁、方颅、鸡胸等症状。
针对以上原因，可以采取以下措施：
1.保持宝宝头部清洁，及时清理汗液和头垢。
2.给宝宝选择透气、舒适的衣物和被子，调节室内温度和光线。
3.注意宝宝的皮肤护理，如有湿疹等问题，及时就医治疗。
4.如果宝宝有缺钙的表现，应在医生的指导下补充维生素D和钙剂。
如果宝宝摇头的情况比较严重，或者伴有其他异常症状，如哭闹、烦躁、睡眠不安等，应及时就医，以便明确原因，并采取相应的治疗措施。