肺上小结节形成的原因较多，像肺部感染就可能引发，比如结核分枝杆菌感染，有研究显示约10% - 20%的肺结核患者会出现肺内小结节；还有肺炎支原体感染也可能导致肺上出现小结节。另外，长期接触有害颗粒也会有影响，比如长期吸入石棉、煤尘等，这些有害颗粒会刺激肺部组织，进而形成小结节。还有一部分肺上小结节是肿瘤因素引起的，像早期的肺癌，包括腺癌、鳞癌等都可能以小结节的形式表现出来。
感染因素导致
细菌感染： 一些常见的细菌，如肺炎链球菌感染，当人体免疫力下降时，肺炎链球菌侵入肺部，引发炎症反应，在修复过程中可能形成小结节。一般来说，细菌感染导致的肺小结节，通过使用敏感抗生素治疗后，部分小结节可能会缩小或消失。病毒感染： 像巨细胞病毒感染，孕妇或免疫力低下人群容易感染巨细胞病毒，病毒侵犯肺部后，可引起肺部组织的病理改变，出现肺上小结节。通常需要针对病毒进行相应的治疗，但病毒感染导致的小结节恢复情况因个体差异而异。
环境因素导致
吸入粉尘： 长期在矿山工作的人群，长期吸入大量粉尘，粉尘在肺部堆积，会刺激肺部纤维组织增生，从而形成小结节。比如长期吸入石英粉尘，就容易引发矽肺，进而出现肺小结节。这类人群需要脱离粉尘环境，并定期进行肺部检查。空气污染： 长期处于污染严重的环境中，空气中的有害气体和颗粒物被吸入肺部，会对肺部组织造成损伤，引发炎症反应，逐渐形成小结节。例如长期生活在工业废气排放较多地区的人群，肺上小结节的发生率相对会高一些。
肿瘤因素导致
良性肿瘤： 肺部的一些良性肿瘤，如错构瘤，是比较常见的肺部良性结节病因，错构瘤是正常组织的异常组合形成的肿瘤样病变，一般生长缓慢，对人体影响相对较小。恶性肿瘤： 早期肺癌是导致肺上小结节的重要肿瘤因素之一，随着影像学检查的普及，越来越多的早期肺癌通过肺小结节的筛查被发现。早期肺癌的小结节在形态上可能有一些特征，比如结节边缘不规整、有毛刺等表现，需要进一步通过活检等检查来明确诊断。