胃肠感冒主要是由病毒感染引起的，其中最常见的病原体是柯萨奇病毒，约占引发胃肠感冒病毒的60% - 70%左右。
病毒感染因素
柯萨奇病毒感染： 柯萨奇病毒通过消化道或呼吸道侵入人体，当人体免疫力下降时，就容易被该病毒侵袭，从而引发胃肠感冒。它会影响胃肠道功能，导致恶心、呕吐、腹泻等症状出现。其他病毒感染： 像埃可病毒等病毒也可能引起胃肠感冒。埃可病毒感染人体后，同样会对胃肠道造成刺激，引发胃肠不适的一系列症状。
环境因素影响
气温突变： 当气温突然降低时，人体的呼吸道和胃肠道的抵抗力会下降。比如在季节交替的时候，早晚温差较大，如果没有及时增添衣物，就容易受到病毒侵袭，引发胃肠感冒。居住环境不卫生： 如果生活环境比较脏乱，存在大量的病菌，也容易增加感染病毒引发胃肠感冒的风险。例如室内通风不良，病毒容易在空气中积聚，增加人体接触感染的机会。
个人体质原因
免疫力低下者： 本身免疫力较差的人，如长期患有慢性疾病、过度劳累、营养不良的人，更容易受到病毒的侵犯，从而患上胃肠感冒。比如长期患有糖尿病的患者，由于身体抵抗力弱，比正常人更易感染病毒引发胃肠感冒。儿童群体： 儿童的免疫系统还没有完全发育成熟，相对成人来说更容易感染病毒。而且儿童在生活中接触外界病菌的机会较多，所以儿童患胃肠感冒的几率比成人更高一些。