肠胃感冒主要是由病毒感染引起的，其中最常见的是柯萨奇病毒，约占引发肠胃感冒病毒的一半左右。
病毒感染途径
通过呼吸道传入： 当人体抵抗力下降时，如受凉等情况，空气中的柯萨奇病毒等就容易通过呼吸道进入人体，进而影响到肠胃，引发肠胃感冒。比如在人员密集且通风不好的场所，就容易通过空气传播让病毒入侵。经消化道感染： 食用了被病毒污染的食物或水，病毒会随着食物进入消化道，从而引发肠胃感冒。像一些没有洗净的蔬菜水果，或者喝了被污染的水源，都可能让病毒进入肠胃导致发病。
自身抵抗力因素
儿童易患病： 儿童的免疫系统还不完善，相比成年人更容易受到病毒侵袭引发肠胃感冒。一般来说，3 - 5岁的儿童由于免疫系统发育尚未成熟，肠胃感冒的发病率相对较高。比如在幼儿园等集体环境中，儿童之间相互接触，很容易传播病毒而患病。免疫力低下人群： 本身患有慢性疾病、长期营养不良或者过度劳累的人，身体免疫力较低，也更容易患上肠胃感冒。例如长期患有糖尿病的患者，身体抵抗力差，在病毒流行季节就更易感染引发肠胃感冒。
环境因素影响
气温突变时： 当气温突然降低，人体来不及适应，就容易受到病毒侵袭引发肠胃感冒。比如在季节交替的时候，早晚温差较大，若没有及时增减衣物，就可能引发肠胃感冒。潮湿环境： 长期处于潮湿的环境中，也有利于病毒的滋生和传播，增加肠胃感冒的发病几率。比如南方一些梅雨季节，空气湿度大，病毒存活时间较长，人们在这样的环境中就更容易患上肠胃感冒。