宝宝发烧39℃时，如果睡着了，以下情况需注意：
一、若已给宝宝服用过退烧药，且未到再次服用时间，同时宝宝睡觉时呼吸频率不快，无喘憋现象，手脚末梢循环良好、温暖，可不叫醒宝宝；若宝宝还未服用退烧药物，则一定要叫醒。
二、发烧时睡眠可帮助恢复，服用退烧药后若安静入睡且非病态睡眠，不必唤醒宝宝，家长可采取一些辅助降温措施，如用凉毛巾放额头，用温水擦拭腋窝、肘窝、手心、脚心、腘窝、大腿根等部位。
三、在宝宝睡觉时，家长应密切监测体温变化。若配合物理降温后体温下降，可让宝宝继续睡觉休息；若经物理降温后体温未降或上升，且宝宝手脚开始发凉，需唤醒宝宝并及时带其就医退热，同时家长应多给宝宝喝温开水以助退热。
总之，宝宝发烧39℃且睡着时，要根据具体情况来决定是否叫醒宝宝，同时要做好体温监测和相关降温措施，以保障宝宝的健康和安全。