当宝宝发烧到39°C时，是否需要叫醒睡着的宝宝，需要根据具体情况来判断。以下是一些需要考虑的因素：
1.宝宝的年龄：一般来说，3个月以下的宝宝发烧需要特别关注，即使在睡眠中也应该叫醒并及时就医。对于3个月以上的宝宝，可以根据其精神状态来决定是否叫醒。
2.宝宝的精神状态：如果宝宝在发烧时仍然精神良好，能吃能玩，那么可以继续观察，不需要叫醒。但如果宝宝出现精神萎靡、嗜睡、哭闹不止等情况，即使在睡眠中也应该叫醒并及时就医。
3.发烧的持续时间：如果宝宝发烧已经持续了一段时间，或者体温持续升高，那么即使在睡眠中也应该叫醒并及时就医。
4.其他症状：除了发烧外，宝宝是否还出现了其他症状，如咳嗽、流鼻涕、呕吐、腹泻等。如果有其他症状，也需要及时就医。
总之，当宝宝发烧到39°C时，需要根据宝宝的具体情况来判断是否叫醒。如果家长无法判断，或者宝宝的情况持续恶化，应该及时就医。同时，在等待就医的过程中，可以给宝宝多喝水，帮助降低体温。