胃肠功能紊乱可使用调节胃肠动力、调节肠道菌群等药物改善，如多潘立酮可促进胃肠动力，一般来说，常用的调节胃肠动力药物价格在几元到几十元不等。
调节胃肠动力类药物
多潘立酮：能促进胃肠道蠕动，加快胃排空，缓解腹胀、早饱等症状。它主要作用于胃肠壁，增强食管下部括约肌张力，防止胃食管反流。莫沙必利：也是促进胃肠动力的药物，可改善功能性消化不良引起的相关症状，如烧心、嗳气、恶心、呕吐、早饱、上腹胀等。
调节肠道菌群类药物
双歧杆菌四联活菌片：含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、粪肠球菌、蜡样芽孢杆菌等肠道有益菌，能补充肠道有益菌，调节肠道菌群平衡，改善因肠道菌群失调引起的胃肠功能紊乱，如腹泻、便秘等情况。地衣芽孢杆菌活菌胶囊：主要成分是地衣芽孢杆菌，可促进肠道有益菌生长，抑制有害菌繁殖，调整肠道菌群，对胃肠功能紊乱有一定的调节作用。
抑酸护胃类药物
奥美拉唑：属于质子泵抑制剂，能抑制胃酸分泌，对于胃肠功能紊乱伴有胃酸过多引起的胃痛、反酸等症状有缓解作用。它通过特异性地作用于胃黏膜壁细胞，抑制胃酸分泌的最后步骤。雷贝拉唑：同样是质子泵抑制剂，可有效抑制胃酸分泌，适用于胃肠功能紊乱导致的胃酸相关不适，如胃痛、胃灼热感（烧心）、反酸等症状的改善。
对症治疗的其他药物
复方消化酶胶囊：含有多种消化酶，如胃蛋白酶、胰淀粉酶、胰脂肪酶等，能促进食物消化，改善因消化不良引起的胃肠功能紊乱，缓解腹胀、食欲不振等症状。蒙脱石散：如果胃肠功能紊乱出现腹泻症状，蒙脱石散可在肠道内形成保护膜，吸附病原体和毒素，起到止泻作用，但一般是短期缓解腹泻症状，不建议长期大量使用。