肠功能紊乱可以使用一些调节胃肠动力、改善肠道菌群等药物来缓解症状，比如常用的有曲美布汀，它能调节胃肠运动节律，一般可以缓解肠功能紊乱引起的腹痛、腹胀等症状。
调节胃肠动力类药物
多潘立酮： 属于外周多巴胺受体拮抗剂，能促进胃肠蠕动，加快胃排空，可改善肠功能紊乱导致的消化不良、腹胀等情况，它主要作用于胃肠道，副作用相对较少，但也可能会有头痛、头晕等个别情况。莫沙必利： 是选择性5-羟色胺4受体激动剂，能促进乙酰胆碱的释放，增强胃肠道蠕动，对改善肠功能紊乱引起的早饱、恶心、呕吐等症状有帮助，它的起效相对较快，一般不会影响心血管系统的正常功能，但也需注意可能出现腹泻、腹痛等不良反应。
改善肠道菌群类药物
双歧杆菌四联活菌片： 含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等多种有益菌，能补充肠道有益菌群，调节肠道菌群平衡，抑制有害菌的生长繁殖，从而改善肠功能紊乱引起的腹泻、便秘等问题，儿童也可以在医生指导下使用，但要注意储存条件，需冷藏保存。枯草杆菌二联活菌颗粒： 里面包含枯草杆菌和屎肠球菌等益生菌，可调节肠道菌群，恢复肠道正常的生理功能，对于肠功能紊乱导致的肠道功能失调有一定的调节作用，它适用于各个年龄段的人群，服用比较方便，用温水冲服即可。
缓解对症症状类药物
复方消化酶胶囊： 如果肠功能紊乱伴有消化不良，出现食欲不佳、餐后饱胀等情况，复方消化酶胶囊可以补充消化酶，帮助消化食物，促进营养物质的吸收，它能促进碳水化合物、脂肪、蛋白质的消化分解，但对本品过敏者禁用。蒙脱石散： 当肠功能紊乱出现腹泻症状时，蒙脱石散可以在肠道内形成一层保护膜，吸附肠道内的病菌和毒素，起到止泻的作用，它安全性较高，成人和儿童都能使用，但如果是感染性腹泻，还需要配合抗感染治疗一起进行。