口舌生疮的原因有多种。一般来说，缺乏维生素是常见原因之一，比如当人体缺乏维生素B2时，大约2 - 3周左右可能就会出现口舌生疮的情况。
缺乏维生素因素
维生素B2缺乏： 维生素B2参与体内多种代谢过程，缺乏时会影响黏膜的正常代谢，从而导致口舌生疮。除了口舌生疮，还可能伴有口角炎等表现。维生素B6缺乏： 维生素B6缺乏也可能引发口舌生疮，同时可能出现皮肤干燥、贫血等相关表现。
口腔局部刺激因素
创伤性因素： 比如牙齿有锐利的边缘、残根残冠等，在咀嚼过程中会反复摩擦口腔黏膜，一般1 - 2周内就可能形成口舌生疮。比如牙齿的残冠边缘比较尖锐，经常摩擦舌头侧面，就会导致局部黏膜破损形成疮面。不良修复体刺激： 不合适的假牙等修复体，长时间佩戴会刺激口腔黏膜，也容易引起口舌生疮，这种情况如果不更换修复体，疮面可能会持续不愈合。
全身性疾病因素
消化系统疾病： 像胃溃疡、十二指肠溃疡等消化系统疾病患者，大约有10% - 30%的概率会出现口舌生疮的情况。因为消化系统功能紊乱会影响营养物质的吸收，进而影响口腔黏膜的健康。免疫系统疾病： 例如白塞病，患者除了口舌生疮外，还可能出现眼部病变、生殖器溃疡等表现，这种疾病是由于自身免疫系统紊乱导致的，病情容易反复。