巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种常见类型，其症状表现多样。一般来说，约1/3的患者可能没有明显症状，而有症状的患者主要表现为以下方面。
月经相关症状
痛经： 这是巧克力囊肿比较典型的症状之一，多为继发性痛经，且呈进行性加重。通常从月经前1 - 2天开始出现，一直持续到整个经期。有的患者痛经程度较重，甚至会影响日常生活和工作，需要服用止痛药来缓解。月经异常： 可能出现月经量增多、月经周期紊乱等情况。比如月经量较以往明显增多，经期延长等。部分患者月经周期可能提前或推迟，不再像以往那样规律。
盆腔相关症状
盆腔疼痛： 除了痛经外，还可能有盆腔的慢性疼痛。这种疼痛在非经期也可能存在，尤其是在性交时可能会出现疼痛。有些患者在进行妇科检查时，按压盆腔部位会有明显的疼痛感。盆腔包块： 有些较大的巧克力囊肿可以在盆腔触及包块。一般包块有一定的活动性，但与周围组织可能有粘连。如果囊肿发生破裂，还可能导致突发的剧烈腹痛，同时伴有恶心、呕吐等症状。
对生育的影响
不孕： 巧克力囊肿会对生育产生影响，大约30% - 50%的子宫内膜异位症患者伴有不孕。这是因为囊肿可能会影响卵巢的正常排卵功能，还可能干扰输卵管的拾卵和蠕动功能，从而影响受孕。而且即使怀孕后，由于盆腔环境的改变，也可能增加流产等不良妊娠结局的风险。