巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种常见类型，其症状表现多样。约1/3的患者可能没有明显症状，而有症状的患者主要表现为以下几方面。
月经相关症状
痛经： 这是巧克力囊肿比较典型的症状，多为继发性痛经，且呈进行性加重。一般从月经前1 - 2天开始出现，月经第1天最严重，以后逐渐减轻，可持续整个经期。有的患者痛经程度较重，影响日常生活和工作。月经异常： 可能出现月经量增多、月经周期紊乱等情况。比如月经量较以往明显增多，经期延长等。
盆腔疼痛症状
盆腔隐痛： 患者常感觉盆腔有持续性的隐痛，在月经期间可能会加重。这种疼痛会影响患者的下腹部及腰骶部，让患者感觉不适。性交疼痛： 当进行性生活时，可能会出现疼痛，尤其是在月经前期较为明显。这是因为性生活时盆腔组织受到刺激，而巧克力囊肿会使盆腔组织粘连等，从而引发疼痛。
不孕相关症状
不孕： 巧克力囊肿可能会影响生育，导致女性不孕。据统计，患有巧克力囊肿的女性中，约有一半左右会出现不孕的情况。这是因为囊肿会影响卵巢的正常排卵功能，还可能影响输卵管的通畅性，阻碍精子和卵子的结合以及受精卵的运输等。
其他症状
腹部不适： 有的患者会感觉下腹部有坠胀感，尤其是在长时间站立、劳累后更明显。如果囊肿较大，还可能在腹部摸到包块。肠道症状： 如果巧克力囊肿累及肠道，可能会出现便秘、腹泻等肠道症状，或者在排便时感觉疼痛。比如有的患者会出现排便困难，或者在大便时感觉下腹部疼痛加剧等情况。