扁桃体结石形成主要与扁桃体的生理结构及局部环境有关。一般来说，扁桃体上有许多小隐窝，这些隐窝容易导致细菌、食物残渣等堆积，从而增加扁桃体结石形成的几率。
一、扁桃体隐窝结构因素
隐窝狭窄易存物： 扁桃体表面存在众多细小的隐窝，这些隐窝比较狭窄，当口腔中的细菌、食物碎屑等进入隐窝后，不容易自行排出。比如，正常情况下扁桃体隐窝的直径较小，使得一些物质容易滞留其中。隐窝分泌物堆积： 扁桃体本身会分泌一些黏液等物质，这些分泌物如果不能及时排出，就容易和滞留的细菌、食物残渣等混合在一起，逐渐形成小块状的物质，进而可能发展为扁桃体结石。
二、口腔卫生状况因素
口腔清洁不到位： 日常如果不注意口腔卫生，没有好好刷牙、漱口，口腔内的细菌数量会增多。例如，每天刷牙次数少于2次，或者刷牙方法不正确，就会导致食物残渣更容易在扁桃体隐窝处堆积，增加扁桃体结石形成风险。长期吸烟饮酒影响： 吸烟的人，烟雾中的有害物质会刺激扁桃体隐窝，影响其正常的排泄功能。而长期大量饮酒也会破坏口腔内的酸碱平衡和正常的生理环境，使得扁桃体隐窝更容易滋生细菌和堆积异物。据相关研究，长期吸烟人群扁桃体结石发生率比不吸烟人群高出约30%。
三、细菌感染因素
细菌滋生引发炎症： 当口腔内细菌大量繁殖时，容易引发扁桃体的炎症反应。比如链球菌等细菌感染扁桃体后，会导致扁桃体组织充血、肿胀，隐窝口变得更狭窄，进一步阻碍了分泌物和异物的排出，从而促进扁桃体结石的形成。炎症加重结石形成： 扁桃体发生炎症时，白细胞等免疫细胞会聚集在炎症部位，和滞留的物质混合，更容易形成质地较硬的结石样物质。而且炎症会使扁桃体隐窝的环境更不利于物质排出，使得结石逐渐增大并留存。