子宫腺肌症主要是由于子宫肌层内的异位内膜腺体和间质引起，目前确切病因尚未完全明确，但可能与以下因素有关。首段：子宫腺肌症的发生与多种因素相关，其中妊娠及分娩相关因素是比较重要的一方面，有研究显示约15%的子宫腺肌症患者有剖宫产史。
妊娠与分娩相关因素
剖宫产手术影响： 剖宫产时子宫肌层受损，子宫内膜组织容易植入肌层，从而增加患子宫腺肌症的风险。比如多次剖宫产的女性，发生子宫腺肌症的几率相对更高。人工流产手术： 频繁的人工流产可能会损伤子宫肌层，使得子宫内膜碎片容易异位到子宫肌层，进而引发子宫腺肌症。
子宫内膜基底层损伤因素
医源性损伤： 如子宫诊断性刮宫等宫腔操作，可能会破坏子宫内膜基底层，导致内膜细胞异位进入肌层。另外，宫腔内手术操作不当也可能造成这种损伤，增加子宫腺肌症发生几率。慢性炎症刺激： 长期的子宫内膜炎等慢性炎症刺激，会使子宫肌层对内膜的侵袭反应增强，增加子宫腺肌症的发病可能。
雌激素水平相关因素
雌激素过高： 女性体内雌激素水平持续处于较高状态时，会刺激子宫内膜增生，并且更容易侵入子宫肌层。例如，一些长期服用含有雌激素药物的女性，或者患有内分泌疾病导致雌激素异常升高的女性，患子宫腺肌症的风险相对增加。雌激素受体异常： 子宫肌层细胞上的雌激素受体如果出现异常，会使得子宫肌层对雌激素的敏感性发生改变，导致内膜更容易异位到肌层，引发子宫腺肌症。
遗传因素影响
家族遗传倾向： 有研究发现，子宫腺肌症可能存在一定的遗传易感性。如果家族中有亲属患有子宫腺肌症，那么个体患病的风险可能会高于没有家族史的人群。不过具体的遗传机制还在进一步研究中。