肛周脓肿主要是肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿由肛腺阻塞感染所致。肛腺开口于直肠肛瓣内，若粪便干结易堵塞肛腺开口，引发肛腺感染，感染蔓延至肛周间隙就会形成脓肿。
肛腺感染相关因素
肛窦损伤： 粪便中的异物、粗糙粪便等易损伤肛窦，比如经常吃辛辣刺激食物的人，肠道刺激大，粪便相对粗糙，就容易损伤肛窦，进而导致肛腺感染。据统计，约有85%的肛周脓肿起始于肛窦损伤引发的肛腺感染。肛腺自身特点： 肛腺是细长的管状结构，一旦感染，炎症容易蔓延扩散，因为它的结构使得感染不易局限，很容易向周围的肛周间隙扩散形成脓肿。
全身抵抗力下降因素
糖尿病患者： 糖尿病患者血糖控制不佳时，机体抵抗力降低，白细胞的吞噬功能和杀菌能力减弱，容易受到细菌感染，包括肛周的细菌感染，从而增加肛周脓肿的发病风险。有研究表明，糖尿病患者肛周脓肿的发生率比非糖尿病患者高2 - 3倍。长期使用免疫抑制剂者： 像器官移植后长期服用免疫抑制剂的患者，免疫系统被抑制，对细菌等病原体的抵御能力下降，容易发生肛周感染形成脓肿。
局部卫生不良因素
不注意肛周清洁： 平时不经常清洗肛门周围，会导致细菌容易在肛周滋生，比如有些人不太注重个人卫生，长时间不清洗肛门，肛周皮肤表面的细菌数量增多，增加了肛周感染的机会，进而引发肛周脓肿。肛周皮肤破损： 肛周皮肤若有擦伤等破损情况，细菌就更容易侵入。比如久坐导致肛周皮肤长时间受压摩擦，出现微小破损，细菌就可能从破损处进入，引发感染形成脓肿。