肛周脓肿主要是由肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿是因肛腺阻塞感染所致。肛腺开口于肛窦，当粪便干结等原因导致肛窦损伤时，细菌就容易侵入肛腺，引发肛腺炎，炎症蔓延可形成肛周脓肿。
肛腺感染相关因素
肛窦损伤： 比如长期腹泻、便秘的人，粪便容易刺激肛窦，导致肛窦损伤，进而使细菌容易侵入肛腺。据统计，长期便秘人群发生肛周脓肿的风险相对较高。肛腺阻塞： 肛腺分泌的液体如果排出不畅，就会导致肛腺阻塞，细菌在腺体内繁殖，引发感染，逐渐形成脓肿。
自身免疫因素
免疫力低下人群： 像糖尿病患者，由于血糖控制不佳，身体免疫力相对较低，容易受到细菌感染，发生肛周脓肿的几率比正常人高。另外，长期服用免疫抑制剂的人，比如器官移植后需要长期服用免疫抑制剂来防止排异反应的人，其自身免疫力受到抑制，也容易出现肛周脓肿。
其他局部因素
肛门周围皮肤感染： 肛门周围皮肤如果有破损，细菌容易从破损处侵入，引发感染，进而发展为肛周脓肿。例如，肛周皮肤有湿疹等疾病时，皮肤破损后就可能增加感染风险。肛管直肠损伤： 如进行肛门直肠检查时操作不当，或者异物损伤肛管直肠，都可能导致细菌侵入，引起感染形成肛周脓肿。比如做肠镜检查时，如果操作不规范，可能会损伤肛管直肠黏膜，从而引发感染。